1000倍早くする方法

同じデータで縦横を入れ替えたファイルでは、1000倍読み込み時間が異なる。
縦長なデータの方が有利。
> system.time(a1 <- read.delim('foo.txt', header=T))
[1] 859.060 4.620 866.269 0.000 0.000
> system.time(a2 <- read.delim('baa.txt', header=T))
[1] 0.610 0.010 0.682 0.000 0.000
> dim(a1)
[1] 10 22283
> dim(a2)
[1] 22283 10
データフレームは縦一列が一変数なので、変数が増えるほど、時間がかかるということか。
実際、例では変数が約2000倍異なる。ちょっと、極端だけどね。。。